A klub 2004-ben alakult meg, amikor is a Lombard FC Haladás átette székhelyét Pápára, s így a csapat rögtön az élvonalban kezdte első idényét. Eredetileg a Balaton FC költözött volna Pápára, azonban az utolsó pillanatban Diósgyőrbe költözött a siófoki csapat. Helyettük érkezett a Bíró Péter által fémjelzett Lombard Kft. A csapatot egyrészt a volt Balaton FC játékosok alkották, aki nem követték volt csapatukat Diósgyőrbe, valamint a volt Haladás játékosok. Az edző is az ex-Haladás tréner, Tóth Bálint lett.

Az első osztályban 

Az első bajnokin pont a Diósgyőri Balaton FC ellen játszották, s az idegenbeli összecsapáson, 8000 néző előtt győztek a pápaiak 3-1-re. Az év közben edzőt is cserélt a csapat, s a DVSC-vel UEFA Kupában menetelő Szentes Lázár érkezett. A csapat legemlékezetesebb győzelmét a Fáy utcában aratta, a Vasast 6-0-ra verték többek között Thomas Medved 4 góljával. A szezon végén a csapat 14. lett, négy ponttal megelőzve a Nyíregyházát.

A 2005-2006-es szezonban kiléphetett a nemzetközi porondra is a csapat, az Intertotó Kupában az első körben a WIT Tbilisit kiejtette a gárda, s a svéd IFK Göteborg ellen is végig partiban volt. A klub azonban nagy átalakításon ment keresztül, 14 labdarúgó távozott és 13 érkezett, azonban messze nem tudták pótolni a távozókat. Szinte minden posztról a legmeghatározóbb ember távozott, az első számú kapus, Tóth Iván Kispestre, a védelem meghatározó oszlopa Farkas Viktor Diósgyőrbe, a játékmester Szabó Tibor Groclinba, a gólkirály Medved Kínába szerződött.

Nem okozott tehát meglepetést a csapat gyenge rajtja, bár a harmadik fordulóban még az Üllői úton szereztek egy pontot, utána mindösszesen 4 döntetlen követte, s félévkor 6 ponttal sereghajtó volt az együttes. Ennek ellenére úgy gondolta Bíró Péter tulajdonos, hogy megpróbálja a szinte lehetetlent, hogy benntartsa a Pápát. Félévkor 16 új játékos igazolt a klub, s többb válogatott labdarúgó érkezett, az FTC-kedvenc Szűcs Lajos, a zambiai válogatottal az Afrika-Kupán is szereplő Mischek Lunguval, a szintén zambiai Lloyd Mumbával, s a kanadai válogatott David Simpsonnal. Azonban hiába érkezett új edző Gálhidi György személyében, nem állt össze a csapat, s a szezon végén, már Zsivoczky Gyula vezetésével kiesetek az élvonalból.

Másodosztályban 

Az NB II-ben az azonnali visszajutást tűzték ki célul, azonban gyengén kezdte az együttes az évet, s az egész szezon alatt nem nagyon volt esélye a feljutásra a Siófok - Haladás kettős mellett. Az idény során három edző is dirigálta a végül 5. helyen záró Lombardot.

2008-ban újra megcélozták a feljutást, s komoly erősítést hajtottak végre. Érkezett többek között a volt MTK-csatár Welton Silva, a szlovén válogatott Adem Kapic, és az NB I-es Tatabánya két meghatározó embere, Kerényi Norbert és Rajnay Attila is. A csapat jól is szerepelt a bajnokságban, s félévkor 3. helyen telelt, de ugyanannyi pontja volt, mint az elsőnek. A tavaszi szezonban egy mérkőzés után váratlanul menesztették az edzőt, Kiprich Józsefet, akit Urbán Flórián váltott. Vele a csapat gyengébben szerepelt, végül negyedik helyen zártak az eredmények alapján, de egy pontlevonásnak köszönhetően, hivatalosan harmadikak lettek.

2009-ben egy gyenge ősz után (csak 5. helyen végzett a csapat), parádés tavaszt produkált a Lombard Pápa Termál FC. A Véber György vezette gárda tizenöt mérkőzésből tizennégyet megnyert, és 2. helyen végzett a tabellán. De, így is ők jutottak fel az első osztályba mivel a Gyirmót nem kapta meg a licencet.

Újra az élvonalban 

A Pápa 3 év után lehet újra az első osztály tagja.

Magyar bajnokság: II. osztály 

• 1 ezüstérem –  2008-2009
• 1 bronzérem –  2007-2008